TY  - JA
AU  - White,B.
AU  - Lux,T.
AU  - Rusholme-Pilcher,R.
AU  - Juhász,A.
AU  - Kaithakottil,G.
AU  - Duncan,S.
AU  - Simmonds,J.
AU  - Rees,H.
AU  - Wright,J.
AU  - Colmer,J.
AU  - Ward,S.
AU  - Joynson,R.
AU  - Coombes,B.
AU  - Irish,N.
AU  - Henderson,S.
AU  - Barker,T.
AU  - Chapman,H.
AU  - Catchpole,L.
AU  - Gharbi,K.
AU  - Bose,U.
AU  - Moeko Okada
AU  - Handa,H.
AU  - Shuhei Nasuda
AU  - Kentaro K. Shimizu
AU  - Gundlach,H.
AU  - Lang,D.
AU  - Naamati,G.
AU  - Legg,E.
AU  - Bharti,A.
AU  - Colgrave,M.L.
AU  - Haerty,W.
AU  - Uauy,C.
AU  - Swarbreck,D.
AU  - Borrill,P.
AU  - Poland,J.A.
AU  - Krattinger,S.G.
AU  - Stein,N.
AU  - Mayer,K.F.X.
AU  - Pozniak,C.J.
AU  - Walkowiak, S.
AU  - Klymiuk,V.
AU  - Byrns,B.
AU  - Nilsen, K.
AU  - Ens,J.
AU  - Wiebe,K.
AU  - N’Diaye,A.
AU  - Hucl,P.J.
AU  - Bin Xiao Fu
AU  - Liangliang Gao
AU  - Delorean,E.
AU  - Dal‑Hoe Koo
AU  - Fritz,A.K.
AU  - Monat,C.
AU  - Himmelbach,A.
AU  - Fiebig,A.
AU  - Padmarasu,S.
AU  - Scholz,U.
AU  - Mascher,M.
AU  - Haberer,G.
AU  - Gundlach,H.
AU  - Spannagl,M.
AU  - Kassa,M.T.
AU  - Fobert,P.
AU  - Kagale,S.
AU  - Brinton,J.
AU  - Ramirez-Gonzalez,R.H.
AU  - Bevan,M.
AU  - McKenzie,N.
AU  - Steuernagel,B.
AU  - Kolodziej,M.C.
AU  - Keller,B.
AU  - Wicker,T.
AU  - Thambugala,D.
AU  - McCartney,C.
AU  - Bandi,V.
AU  - Nunez Siri,J.
AU  - Gutwin,C.
AU  - Aquino,C.
AU  - Masaomi Hatakeyama
AU  - Copetti,D.
AU  - Halstead-Nussloch,G.
AU  - Paape,T.
AU  - Shimizu-Inatsugi,R.
AU  - Ban,T.
AU  - Kanako Kawaura
AU  - Toshiaki Tameshige
AU  - Hiroyuki Tsuji
AU  - Venturini,L.
AU  - Clark,M.
AU  - Clavijo,B.
AU  - Fosker,C.
AU  - Garcia Accinelli,G.
AU  - Heavens,D.
AU  - Krasileva,K.
AU  - Hall,A.J.W.
AU  - Gardner,K.A.
AU  - Fradgley,N.S.
AU  - Percival-Alwyn,L.
AU  - Cockram,J.
AU  - Gutierrez-Gonzalez,J.
AU  - Muehlbauer,G.J.
AU  - Chu Shin Koh
AU  - Sharpe,A.G.
AU  - Deek,J.
AU  - Costamagna,A.C.
AU  - Hiroyuki Kanamori
AU  - Fuminori Kobayashi
AU  - Tsuyoshi Tanaka
AU  - Jianzhong Wu
AU  - Kuo,T.
AU  - Jun Sese
AU  - Kazuki Murata
AU  - Yusuke Nabeka
AU  - JULIANA P.
AU  - Singh,R.P.
AU  - Budak,H.
AU  - Small,I.
AU  - Melonek,J.
AU  - Cloutier,S.
AU  - Keeble-Gagnère,G.
AU  - Tibbets,J.
AU  - Langridge,P.
AU  - Chalmers,K.
AU  - Distelfeld,A.
TI  - De novo annotation reveals transcriptomic complexity across the hexaploid wheat pan-genome
SN  - 2041-1723
PY  - 2025///
CY  - United Kingdom
PB  - Nature Publishing Group, 
KW  - Wheat
KW  - AGROVOC
KW  - Gene Expression
KW  - Plant breeding
KW  - Transcriptomics
N1  - Peer review; Open Access
N2  - Wheat is the most widely cultivated crop in the world, with over 215 million hectares grown annually. The 10+ Wheat Genomes Project recently sequenced and assembled to chromosome-level the genomes of nine wheat cultivars, uncovering genetic diversity and selection within the pan-genome of wheat. Here, we provide a wheat pan-transcriptome with de novo annotation and differential expression analysis for these wheat cultivars across multiple tissues. Using the de novo annotations we identify cultivar-specific genes and define the core and dispensable genomes. Expression analysis across cultivars and tissues reveals conservation in expression between a large core set of homeologous genes, in addition to widespread changes in subgenome homeolog expression bias between cultivars and cultivar-specific expression profiles. We utilise both the newly constructed gene-based wheat pan-genome and pan-transcriptome, demonstrating variation in the prolamin superfamily and immune-reactive proteins across cultivars
UR  - https://hdl.handle.net/10883/36432
T2  - Nature Communications
DO  - https://doi.org/10.1038/s41467-025-64046-1
ER  -